科研产出
查吾拉牦牛线粒体全基因组序列及系统发育分析
《中国草食动物科学 》 2023
摘要：为了解查吾拉牦牛(Bos grunniens)线粒体全基因组结构,对查吾拉牦牛线粒体基因组进行了PCR扩增并测序、组装及注释.结果表明,查吾拉牦牛完整的线粒体DNA为环状分子,全长16323 bp,其核苷酸组成分别为:A占33.71%,T占27.30%,C占25.78%,G占13.21%,A+T含量为61.01%.总体组成包括22个tRNA基因,2个rRNA基因,13个蛋白编码基因(ND1~ND6、ND4L、COX1~COX3、ATP6、ATP8和CYTB),以及1个非编码控制区(D-loop).ND6和8个tRNA基因(tRNA-Ser、tRNA-Pro、tRNA-Glu、tRNA-Tyr、tRNA-Cys、tRNA-Asn、tRNA-Ala和tRNA-Gln)均编码在轻链上,其余基因编码在重链上.系统发育分析结果表明,查吾拉牦牛与娘亚牦牛亲缘关系较近.综上所述,查吾拉牦牛线粒体基因组全序列可用于进一步研究其起源进化和育种改良.
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措勤紫绒山羊线粒体基因组全序列测定及分析
《内蒙古农业大学学报(自然科学版) 》 2022
摘要：措勤紫绒山羊是中国优良的绒用地方山羊品种，从线粒体水平分析其与其他中国地方山羊品种之间的系统发育关系，对措勤紫绒山羊的种群分类和遗传资源保护具有重要意义。本研究利用全基因组随机测序技术和生物信息学软件对措勤紫绒山羊线粒体基因组进行获取、拼接与注释。结果发现措勤紫绒山羊线粒体基因组全长16 641 bp，主要由22个tRNA基因、2个rRNA基因、13个蛋白编码基因和1个非编码控制区（D-loop区）4部分构成；基于线粒体基因组D-loop区序列构建8个地方山羊品种的系统进化树，发现措勤紫绒山羊与柴达木绒山羊的遗传距离最近，推测是由地理位置相近所导致的。本研究为措勤紫绒山羊的品种鉴定和系统发育关系提供了一定的数据支撑。
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西藏牛亚科部分群体线粒体DNA遗传多样性研究
《西南民族大学学报(自然科学版) 》 2019
摘要：为了在从母系遗传上研究西藏牛亚科部分群体的遗传多样性和亲缘进化关系,通过PCR扩增西藏巴美牛、当地土种牛、驼峰牛以及引进娟珊牛4个群体18个个体的mtDNA D-loop控制区全序列,并测序.结果显示,D-loop区大小分布在892 bp～912 bp之间,不同群体间存在长度差异,同时西藏各群体牛D-loop区富含A、T碱基,共检测到颠换、转换、插入、缺失以及颠换和转换共存同一位点等5种突变类型.4个群体发现17种单倍型,多态位点达到125个,平均单倍型多样性约为0.992,平均核苷酸多样性约为0.039,表明西藏黄牛群体遗传多样性丰富.系统进化分析显示17种单倍型大致可以分为三大类,在其进化过程中出现相互交流的情况,巴美牛和驼峰牛亲缘关系最近,当地土种牛仍为较纯的黄牛,西藏黄牛群体不包含瘤牛单倍型,均为普通牛单倍型.
关键词： 藏黄牛 线粒体DNA D-loop 遗传多样性 系统进化
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西藏部分山羊群体线粒体DNA D-loop区遗传多样性及系统进化分析
《畜牧与兽医 》 2019 北大核心
摘要：为了探究西藏不同山羊群体的遗传多样性和亲缘关系,提取4个山羊群体DNA,扩增其mtDNA D-loop区,并测序。结果显示:西藏山羊群体mtDNA D-loop区长度在1 200～1 212 bp,各群体山羊D-loop区富含A、T碱基,共发现106个多态位点,分离出21个单倍型。西藏山羊群体单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.085 7～1.000 0,0.007 04～0.019 14,4个群体山羊碱基突变率高,表明西藏山羊的遗传多样性非常丰富。核苷酸歧义度、NJ系统进化树表明西藏山羊群体间有共同母系血源,部分支系母系起源于镰刀型角野山羊(Capra aegagrus)和捻角山羊(Capra falconeri),同时存在其他的母系起源,支持山羊品种内的多起源说。
关键词： 藏山羊 mtDNA D-loop 遗传多样性 系统进化树
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野生亚东鲑群体遗传多样性及其种质来源研究
《东北农业大学学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：以褐鳟(Salmo trutta)日本品系和亚东鲑群体为研究对象,通过测定上述两个群体8个微卫星标记和线粒体D-loop基因多态性,综合分析日本品系和亚东鲑群体遗传多样性及其种质来源。结果表明,褐鳟日本品系等位基因数为2~10个,亚东鲑群体为4~9个,平均有效等位基因数分别为3.1304和3.8988;观测杂合度范围分别为0.3404~0.7128和0.1020~0.8776,其中褐鳟日本品系平均观测杂合度为0.5612,亚东鲑群体为0.5510,期望杂合度分别为0.4671~0.7794和0.5216~0.7932;褐鳟日本品系多态信息含量(PIC)为0.3680~0.7440,平均为0.5964,而亚东群体PIC为0.4660~0.8370,平均为0.5926。研究分析褐鳟、亚东鲑线粒体D-loop基因序列和欧洲褐鳟已知五个地理居群D-loop基因序列,日本品系褐鳟和亚东鲑与欧洲大西洋居群褐鳟聚在一支,亲缘关系最近。
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